Modul ELO Backup zajišťuje nepřetržité ukládání a přesouvání dokumentů na dlouhodobá úložiště nejrůznějších výrobců. Backup pravidelně kontroluje archiv a ukládá jakékoliv nezazálohované dokumenty na určené externí datové úložiště. Dokumentům je během tohoto procesu běžícího na pozadí také přiřazena evidenční karta.

Díky zálohování databázových informací je v zásadě možná také základní obnova dokumentů v případě, že dojde ke ztrátě centrálních dat. Služba ELO Backup navíc podporuje současnou správu dokumentu až na čtyřech oddělených úložných místech, jeden dokument tudíž může být až čtyřikrát redundantně spravován.

Při dlouhodobém uchovávání dokumentů je rozumné přesouvat data do specializovaných datových úložišť (určených zpravidla jen pro čtení). ELO podporuje běžná paměťová média certifikovaných partnerů jako Network Appliance, IBM DR500, Plasmon Jukeboxes, JVC a mnohé další.